Nach dem Jubel über den Aufstieg in die höchste Liga war klar, dass der Wiedereinstieg schwierig sein würde. Im Gegensatz zu allen anderen Klubs der National League war es für den SCRJ bis nach dem letzten Spiel gegen Kloten unklar, ob er überhaupt wieder zuoberst mitspielen durfte. Entsprechend wenig war in der kurzen Zeit an der Transferfront noch zu machen. Anders formuliert: die Lakers mussten mit einem Swiss League-Team eine Liga höher antreten.

Am Ende der Saison 2018/19 resultierte der 12. und letzte Rang nach der Qualifikation und nach dem verlorenen Playout-Final gegen den HC Davos wäre eigentlich die Ligaqualifikation angestanden. Swiss League-Meister Langenthal verzichtete allerdings darauf, um den Aufstieg spielen zu wollen und so blieb der SCRJ ohne nervenaufreibende Spiele um alles oder nichts in der höchsten Liga. Für die Saison 2019/20 gelang es dem neuen Sportchef Janick Steinmann, das Team zu verstärken. Am Ende der Qualifikation wurde der SCRJ zwar wieder Zwölfter, holte aber 20 Punkte mehr als im Vorjahr. Anschliessend an die Regular Season wurde dann in der Schweiz allerdings aufgrund von Corona gar kein Eishockey mehr gespielt. Die dritte Saison nach dem Wiederaufstieg verlief trotz weiterer Verstärkungen zunächst nicht nach Wunsch. Am Ende reichte es knapp vor Ambrì-Piotta zu Rang 10 und damit zu den erstmals durchgeführten Pre-Playoffs. Dort setzten sich die Lakers überraschend mit 2:0 Siegen gegen das siebtklassierte Biel durch, das immerhin 22 Punkte mehr gesammelt hatte. 

In den Playoffs eliminierte der befreit aufspielende SCRJ dann den Tabellenzweiten HC Lugano mit 4:1 Siegen. Das erste Spiel ging zwar noch mit 2:6 verloren, doch danach lief alles für die Lakers. Unvergessen dabei sind die beiden Overtime-Siege in Lugano: in Spiel 3 gelang Sandro Forrer in der 88. Minute der entscheidende Treffer zum 3:2 und im fünften und letzten Spiel traf Gian-Marco Wetter in der 7. Minute der zweiten Verlängerung zum 4:3. Die Lakers standen im Halbfinal! Dort wartete der EV Zug, der mit 119 Punkten in der Qualifikation einen neuen Punkterekord in der National League aufgestellt hatte. Die Rappi-Fans, die aufgrund von Corona keinen Zulass ins Stadion hatten, glaubten trotz 0:2-Rückstands in der Serie weiterhin an ihr Team und sorgten für eindrückliche Bilder: auf dem Seedamm bildeten sie einen Corso und feuerten die Mannschaft an, als sie sich im Bus auf den Weg nach Zug machte. Das zeigte Wirkung: die Lakers siegten mit 2:1. Am Ende setzten sich aber die Zuger in der best-of-seven Serie trotzdem mit 3:1 Siegen durch. Für die Lakers war es trotz des Ausscheidens ein grandioser Abschluss der Ära Jeff Tomlinson, die nach sechs Jahren Aufbauarbeit in der der ersten Halbfinal-Teilnahme seit 15 Jahren gipfelte.

Mit dem Abstieg in die NLB fand ein kompletter Umbruch statt, aus den Rapperswil-Jona Lakers wurden die SC Rapperswil-Jona Lakers, das Logo wurde verändert und ist bis heute eine Mischung zwischen dem traditionellen SCRJ- und dem moderneren Lakers-Logo. Auch farblich erfolgte der Schritt zurück zu den Wurzeln: Das bei den Fans verhasste Eisblau machte Platz für das traditionelle Rot-Weiss-Blau. Dies alles geschah in Zusammenarbeit mit allen Fangruppen. Sportlich lief es in den ersten beiden NLB-Jahren gut. 2015/16 verloren die Lakers erst im Playoff-Final gegen Ajoie, im Jahr darauf erneut im Playoff-Final gegen den SC Langenthal.

Die Saison 2017/2018 war die dritte Saison in der zweithöchsten Liga, mittlerweile Swiss League genannt. Die SCRJ Lakers erlebten eine Saison für die Geschichtsbücher. Noch nie war ein Klub der zweithöchsten Liga so erfolgreich. Die Rosenstädter gewannen schlicht alles, was es in jener Saison zu gewinnen gab. Die Qualifikation wurde mit 16 Punkten Vorsprung auf das zweitplatzierte Langenthal dominiert. Gleichzeitig gewann die Mannschaft von Trainer Jeff Tomlinson als erst zweite unterklassige Mannschaft den Schweizer Cup mit einem denkwürdigen 7:2-Sieg im Final gegen den HC Davos.

​Die Playoffs wurden danach mit dem Meistertitel gekrönt und zum Abschluss gewannen die SCRJ Lakers in der Ligaqualifikation nach einer der dramatischsten Best of seven-Serien in der Geschichte des Schweizer Eishockeys gegen den EHC Kloten. Die Entscheidung fiel erst in der Verlängerung des siebten Spiels. Zunächst traf Klotens Dominik Egli in der 68. Minute nur den Pfosten, bis die Lakers in der 77. Minute einen mustergültigen Konter mit dem Siegestreffer durch Jan Mosimann abschlossen. Der SCRJ kehrte nach drei Jahren Absenz wieder in die National League zurück und ist seither wieder Teil der obersten Schweizer Spielklasse.

Am 13. Juli 2000 wurde die SCRJ Sport AG gegründet. 2005/06 schuf die damalige Vereinsführung eine „neue Marke“, die Rapperswil-Jona Lakers - dies im neu renovierten und ausgebauten Lido, das nun "Diners Club Arena" hiess. Die Umfirmierung der SCRJ Sport AG in Lakers Sport AG, das neue Logo und vor allem das neue Outfit in „eisblauer“ Clubfarbe führten zu einem Zerwürfnis mit den eingefleischten SCRJ-Fans.

Sportlich war die Debütsaison als Rapperswil-Jona Lakers mit dem 4. Platz in der Qualifikation und der erstmaligen Halbfinal-Teilnahme (nach einem 4:3-Erfolg in der Viertelfinal-Serie gegen den EV Zug folgte ein 1:4 in der Serie gegen den HC Davos) zwar erfolgreich. Doch danach zeigte das Leistungsbarometer nach unten: 2008 gelang die für viele Jahre letzte Playoff-Qualifikation, danach kämpfte das Team stets gegen den Abstieg. Im Frühjahr 2015 war es dann so weit: Die Ligaqualifikation gegen die SCL Tigers ging gleich mit 0:4 verloren und so stiegen die Lakers in die NLB ab.

Was folgte, war ein eigentliches «housecleaning». Praktisch von einem Tag auf den anderen waren nicht nur die Spieler weg, sondern auch grosse Teile der Führung. Doch dieser Tiefpunkt in der Geschichte des Vereins war gleichzeitig auch die Startrampe für eine eigentliche Neugeburt.

Wieder feierte der SCRJ just in einem Jubiläumsjahr einen grandiosen sportlichen Erfolg: Unter der Führung des neuen Präsidenten Bruno Hug gelang im 50. Jahr des Clubbestehens nach langer, gezielter Aufbauarbeit am 22. März 1994 der Aufstieg in die höchste schweizerische Spielklasse, die Nationalliga A.
Der Winter 1993/94 bleibt unvergessen. Das vom Finnen Pekka Rautakallio trainierte Team löste mit seiner Spielweise und dem sportlichen Exploit eine zuvor nie dagewesene Begeisterung aus (siehe Bild). Spieler seiner Meistermannschaft erreichten Kultstatus, avancierten zu Legenden des Rapperswiler Eishockeysports.

Ab der Saison 1994/95 spielte die Mannschaft des Schlittschuh Club Rapperswil-Jona bis zum Frühling 2015 dann ununterbrochen in der höchsten Spielklasse, der Nationalliga A.

In den sechs Spielzeiten bis zur Jahrtausendwende zog die Mannschaft vier Mal ins Playoff-Viertelfinale ein, lediglich zwei Mal musste sich der SCRJ im Abstiegskampf bewähren.

Sich im zweiten Anlauf in der Nationalliga B zu halten, war kein leichtes Unterfangen. Nach einigen Jahren des Bangens konnte sich der Club aber festigen und etablierte sich im Mittelfeld der NLB. Noch immer spielte der Schlittschuh Club Rapperswil-Jona unter freiem Himmel. Erst die Drohung des Verbandes, Rapperswil-Jona die Spielbewilligung wegen "fehlender Überdachung für Nationalligaspiele" zu entziehen, sorgte für Bewegung.

​1984 wurde kurzerhand eine Kunststoff-Traglufthalle gekauft, um damit das Eisfeld zu überdachen. Der Spielbetrieb war gesichert, die Weichen für die Zukunft gestellt.

Denn nur drei Jahre später – in der Saison 1987/88 – genehmigte die Bürgerschaft von Rapperswil und Jona den Bau einer schönen und zweckmässigen Eishalle (siehe Bilder). „Das Lido“ fasste dazumals 4‘000 Zuschauer und wurde zur Kultstätte der Eishockeybegeisterten am Obersee.

Der Abstieg aus der NLB hatte gravierende Folgen: Ende der 60er, Anfangs der 70er Jahre durchschritt der Club eine finanzielle Durststrecke. Man versuchte, ein noch grösseres Publikum hinter sich zu bringen. So lag es auf der Hand, den Klubnamen um einen Buchstaben – einem „J“ - zu ergänzen. Der neue Name SCRJ war nun auch ein Bekenntnis zur Gemeinde Jona. Endlich war der Schlittschuhclub in der Aussenwirkung das, was er im Eishockeyherz schon immer war: Der Stolz der Einwohner aus Rapperswil und Jona.
Auf dem damals finanziell dünnen Eis feierte der SCRJ keine sportlichen Erfolge. Erst 1976, ausgerechnet in dem Jahr, als die Spieler zu „Halbprofis“ wurden, fand Rapperswil-Jona auf die Siegerstrasse zurück. Im Winter 1976/77 gelang der ersehnte Wiederaufstieg in die Nationalliga B, wohlgemerkt mit einem Kader, in dem sich ausschliesslich Spieler aus dem eigenen Nachwuchs befanden.

Diese ersten Erfolge weckten Begehrlichkeiten. Walter Denzler bescherte 1961 der Stadt Rapperswil die erste Kunsteisbahn. Sie entstand zwischen Rietland und dem Strandweg. Jener Samstag, 21. Oktober 1961, an dem die Eisbahn fertiggestellt war, läutete ein neues Rapperswiler Eishockey-Zeitalter ein.
Um den steigenden Ambitionen gerecht zu werden, engagierte man mit Otto Schubiger erstmals einen bezahlten Spielertrainer und trennte gleichzeitig den administrativen vom sportlichen Bereich des Clubs.

Schubiger - damals 37jährig - galt als konditionsstärkster und schnellster Schweizer Spieler seiner Zeit und begeisterte das Rapperswiler Publikum im „Lido“.

Im 20. Vereinsjahr (1964/65) stieg der Club erstmals in die Nationalliga B auf. Seinerzeit besuchten regelmässig 2‘500 Zuschauer die Spiele des SCR. Trotz des grossen Rückhalts in der Bevölkerung stieg die Mannschaft nur zwei Jahre später wieder ab. 

Alles begann am 17. Januar 1945 – es ist das Gründungsdatum des Schlittschuh Club Rapperswil (SCR). Die ersten „Vereinsvorstände“ waren aktive Spieler, die tatkräftig anpackten: Selbst das Eisfeld bereiteten sie – oftmals in langer, anstrengender Nachtarbeit – selber auf. Vor den Spielen musste zuerst einmal die Bande (in Handarbeit) aufs Eis gelegt werden. Da die Witterungsverhältnisse allgemein sehr wenige Spiele zuliessen, wurde das Training auf der Dolder-Kunsteisbahn in Zürich abgehalten.

Die Heimspiele aber wurden auf dem gefrorenen Teil des Zürichsees in der Garnhänke ausgetragen. Lokale Sportbegeisterte fieberten mit und schlossen sich dem Verein an, die regionale Verbundenheit war riesig. Schon zu Anfangszeiten besuchten rund 1000 Schaulustige die Spiele des SCR. Bis das erste offizielle Spiel stattfinden konnte, verging allerdings ein knappes Jahr.

Der SCR reiste am 6. Januar 1946 mit dem Zug nach St. Gallen (siehe Bild), die Partie ging mit 4:7 verloren. Nach nur fünf Jahren fuhren die Rapperswiler erste beachtliche Erfolge ein: sie gewannen in der Saison 1950/51 den Schweizer Meistertitel Serie B, 1953/54 die Regionalmeisterschaft Serie A. Zum Aufstieg in die NLB reichte es knapp nicht: Das Entscheidungsspiel bei Montana Lausanne verlor Rapperswil mit 0:1 n.V.